Trải qua các thời kỳ lịch sử, xã Côn Lôn có nhiều thay đổi về địa giới hành chính. Đầu thế kỷ XIX, xã Côn Lôn thuộc tổng Côn Lôn, châu Đại Man. Tổng Côn Lôn gồm 4 xã Côn Lôn, Yên Viễn, Thượng Nông, Đà Vị. Sau khi Cách mạng Tháng Tám 1945 thành công, xã Côn Lôn được gọi là xã Tri Phương. Năm 1986, xã Côn Lôn được tách thành 2 xã Côn Lôn và Khau Tinh.